Pracownia jest jednostką badawczą zbierającą informacje na temat różnych aspektów kształcenia na Uniwersytecie Warszawskim, zarówno metodami ilościowymi, jak i jakościowymi. Zebrane informacje wykorzystywane są przez Władze Uczelni oraz jednostki dydaktyczne do oceny jakości nauczania na Uniwersytecie Warszawskim.
Osoby zaangażowane na stałe w działalność Pracowni od początku jej działalności to dr hab. Mikołaj Jasiński, który jest koordynatorem zespołu PEJK oraz dr Albert Izdebski. Zespół badawczy uzupełniają prof. ucz. dr hab. Joanna Konieczna-Sałamatin, dr Tomasz Zając oraz dr Marek Bożykowski. Na potrzeby realizacji projektów Pracownię wspomagają pracownicy oraz studenci Uniwersytetu Warszawskiego. Zespół badawczy pod względem administracyjno-technicznym wspierają Marta Chełminiak i mgr Paulina Steckiewicz.
Początki badań nad jakością kształcenia na Uniwersytecie Warszawskim sięgają roku 2007 kiedy podczas obrad Komisji Senackiej ds. Studenckich i Procesu Kształcenia ówczesny prorektor ds. studenckich prof. Konstanty A. Wojtaszczyk zaprezentował pomysł ogólnouniwersyteckiej ankiety mającej zbadać jakość kształcenia na Uniwersytecie Warszawskim. Realizację tego zadania powierzono dr hab. Mikołajowi Jasińskiemu, który pełnił w tym czasie funkcję członka Komisji Senackiej ds. Studenckich i Procesu Kształcenia. Przygotował on wraz ze współpracownikami dr Michałem Kowalskim oraz dr Dominikiem Batorskim, przy współpracy Pełnomocnika Rektora UW ds. Jakości Kształcenia prof. Pawła Stępnia oraz ówczesnej Przewodniczącej Komisji Senackiej ds. Studenckich i Procesu Kształcenia prof. Marty Kicińskiej-Habior, projekt ankiety badającej warunki kształcenia na UW. Badanie pilotażowe z wykorzystaniem ankiety zostało przeprowadzone w tym samym roku. Objęto nim sześć celowo dobranych jednostek dydaktycznych, a ankietę wypełniło ponad 500 studentów. Realizacja badania została pozytywnie oceniona przez Władze Uczelni, czego efektem było podjęcie prac nad ogólnouniwersyteckim systemem badania jakości kształcenia.
Następnym etapem prac nad systemem badania jakości kształcenia było przygotowanie przez dr hab. Mikołaja Jasińskiego oraz dr Michała Kowalskiego dokumentu zawierającego koncepcję Systemu Ewaluacji Jakości Kształcenia. W dokumencie zostały określone kluczowe obszary, które powinny zostać objęte procesem ewaluacji, wraz z technikami pozyskiwania informacji oraz szczegółowym planem realizacji działań. Propozycje zostały zaakceptowane przez Władze Uniwersytetu. 1 sierpnia 2007 roku JM Rektor UW, prof. Katarzyna Chałasińska-Macukow powołała Biuro ds. Jakości Kształcenia, które miało realizować zadania opisane w wyżej wymienionym dokumencie. Od roku akademickiego 2007/2008 Biuro ds. Jakości Kształcenia składało się z dwóch autonomicznych części: Sekcji Pełnomocnika ds. Jakości Kształcenia tworzonej przez mgr Agatę Wroczyńską, oraz Pracowni Ewaluacji Jakości Kształcenia, której celem była budowa systemu ewaluacji jakości kształcenia na uczelni. Zespół PEJK tworzyli dr hab. Mikołaj Jasiński oraz dr Michał Kowalski, a od listopada 2007 r. do zespołu dołączył dr Albert Izdebski.
W październiku 2008 roku ze względu na zwiększenie liczby zadań badawczych w roku akademickim 2008/2009 Pracownia stała się samodzielną jednostką uniwersytecką, podległą bezpośrednio Rektorowi Uniwersytetu Warszawskiego. Na mocy Zarządzenia Rektora UW z dnia 19 marca 2021 w sprawie zmian organizacyjnych w administracji ogólnouniwersyteckiej Pracownia Ewaluacji Jakości Kształcenia wchodzi w skład Biura Innowacji Dydaktycznych.